대학원은 학문의 전공분야에 따라 「연구과」를 설치하고 있습니다. 대학에는 학부가 있는 것처럼 대학원은 구과가 하나의 단위로 되어 있습니다. 대학원의 대부분은 복수연구과로 구성되어 있으나 하나뿐인 연구과라도 대학원에는 다름이 없습니다. 연구과는 전문분야에 따라 몇 개의 전공이 있습니다. 예를 들면 동경대학 대학원의 종합문화연구과의 경우에는 비교문학·비교문화·표상문화론·지역문화연구·국제관계론·상관사회과학·문화 인류학·광역과학 등 7전공이 있습니다. 이들 전공은 학부로 말하면 학과에 해당하는 존재입니다. 제도상 대학원은 학부로부터 독립된 존재이지만 많은 대학원에서는 학부·학과에 대응한 형태로 연구과와 전공이 있습니다. 여기에는 대학원 전임교수나 대학원 전용시설이 없기 때문입니다. 때문에 대부분의 대학원에는 학부교수가 대학원 교수를 겸임하고 시설도 학부의 것을 이용하고 있습니다. 그러나 일부 대학원에는 전임교수가 있고 전용시설도 있으며, 대응하는 학부도 학과도 없는 대학원이 있습니다. 대응하는 학부가 없는 경우에는 「독립연구과」라 부르고 있습니다. 같은 식으로 대응하는 전공이 없는 경우는 「독립전공」이라 부르고 있습니다. 또 대학자체에 학부가 전혀 존재하지 않는 경우는 「독립대학원」이라 부르고 있습니다. 이 같은 독립연구과 등은 학문의 발전상 종래의 학문분야로는 나눌 수 없는 즉 "학제(學際)"분야나 새로운 학문분야의 대학원이 많습니다. 대학원에는 교육상 이수코스로서 「석사과정」과 「박사과정」이 있습니다. 석사과정만을 설치하고 있는 대학원도 있지만 석사과정과 박사과정을 병설하고 있는 대학원도 있습니다. 석사과정은 표준 수업연한이 2년간의 과정, 박사과정은 표준수업연한이 5년간의 과정입니다.

제도상 병열한 과정이지만 실제는 많은 대학원에서 표준 수업연한 2년의 석사과정(박사전기과정)위에 표준수업연한 3년의 박사과정(박사후기 과정)을 두고 있습니다. 때문에 대학원에 입학했다고 해서 에스컬레이터식으로 석사과정에서 박사과정으로 올라간다고 생각하면 큰 잘못입니다. 석사과정에서 박사과정으로 진학하는 경우는 다시 박사과정의 입학시험에 합격하지 않으면 안됩니다.
단 일부 5년일관제 박사과정은 예외다. 석사과정과 박사과정의 큰 차이는 학위차이에서 나타나는 것처럼 요구되는 연구자로서의 능력·학식에 차이가 있습니다. 석사과정은 「전공분야에 있어서 연구능력 또는 고도의 전문성을 요하는 직업 등에 필요한 고도의 능력을 함양함을 목적으로 합니다」(대학원 설치기준령)고 되어 있고 박사과정은 「전공분야에 대해서 연구자로서 자립하여 연구활동을 하고 또는 기타 고도의 전문적인 업무에 종사하는 데에 필요한 고도의 연구능력 및 그 기초가 되는 풍부한 학식을 함양함을 목적으로 한다」고 규정되어 있습니다. 박사과정에서는 「자립한」연구자로서 독창적인 연구를 요구하고 있으나 석사과정에서는 독창적인 연구의 전제가 되는 폭 넓은 학식이나 전문분야의 이론·응용의 연구능력을 갖추는 것이라는 것입니다. 이 같은 차이는 실제 대학원에서의 교육·연구의 장에서도 나타난다. 먼저 석사과정에서는 수업이 있습니다. 2년간에 30학점 이상을 취득하지 않으면 안됩니다. 박사과정의 수료요건에도 「대학원에 5년 이상 재학하고 30학점 이상을 이수」하지 않으면 안되지만, 석사과정 중에 이수했을 것이므로 실제는 수업에 나올 필요는 없습니다. 그러나 대학원 수업은 윤강(輪講)이나 세미나 형식이 태반이기 때문에 박사과정의 원생도 자기자신의 연구의 일환으로 혹은 후배지도의 일환으로 주체가 되어서 수업을 진행시키는 경우가 많습니다. 연구의 장에도 차이가 있습니다. 특히 석사과정의 첫해는 연구트레이닝의 장이라고 생각하는 편이 좋을 것입니다. 이 같은 트레이닝을 통하여 연구수법·프로세스나 전문지식 등을 배워가게 됩니다. 박사과정의 원생은 후배지도와 연구실 잡무 등을 처리하면서 박사 논문을 목표로 자기 자신의 연구에 전념합니다.

석사과정(박사전기과정)을 수료하는 데는 통상은 대학원에 2년 이상 재학하지 않으면 안됩니다. 수료요건은 재학기간에 30학점 이상을 취득하고 석사논문심사와 시험에 합격하는 것이 필요하다.
박사과정을 수료하는데 통상은 대학원에 「5년 이상 재학하지 않으면 안됩니다. 단 5년은 석사과정(박사전기과정)의 2년을 포함하는 것이므로 박사후기과정의 경우는 3년이 됩니다. 박사과정 수료 건은 재학기간에 30학점 이상을 취득하고 (석사과정에서 취득했으면 불 필요) 박사논문심사와 시험에 합격하는 것이 필요하다.

박사과정에 있어서 석사과정과 같이 「표준」 수업연한은 5년으로 되어있지만 박사과정에 대해서는 종래부터 뛰어난 연구업적을 올린 경우는 석사과정의 재학기간을 포함 「최단 3년」으로 수료할 수 있게 되어 있기 때문에 이 제도는 현재도 유지되고 있습니다. 따라서 석사과정을 2년에 수료하고 박사후기과정에 진학한 사람은 연구업적에 따라서는 최단 1년으로 수료할 수 있지만, 석사과정을 최단 1년으로 수료하고 박사과정에 진학한 사람은 최단으로도 2년간 재학하지 않으면 안되게 됩니다. 단 박사과정에는 후기과정이나 5년일관제의 박사과정을 수료하고 박사학위를 취득하는 「과정박사」와, 대학원의 후기과정 등을 거치지 않고 혹은 대학원 재학 중에 취득 못했기 때문에 대학원이 실시하는 박사논문심사에 합격하고 박사과정을 수료한 자와 동등이상의 학력을 갖는다고 인정된 경우에 취득할 수 있는 「논문박사」가 있습니다. 논문박사의 경우 연한에 관계없이 대학원 재학 중에도 취득 가능하지만 통상은 과정박사 쪽이 취득하기 쉬운 것은 말할 것 없습니다.

제출한 학위논문이 불합격이 되면 당연히 학위를 받지 못합니다. 박사과정에서는 극히 일반적이지만 「석사과정」은 드문 케이스입니다. 석사과정에서 석사논문이 불합격 된 경우는 가령 수료요건의 하나인 30학점 이상을 취득해도 석사과정을 수료 된 것으로 인정되지 않고 중퇴가 됩니다. 그러나 현실적으로는 이런 케이스는 적고 지도교수의 지도 하에 석사학위를 취득할 수 있는 것입니다. 그대신 2년으로 수료할 수 있는 것이 3년이 되는 경우도 있습니다. 참고로 석사과정 재학연수 한도는 통상 4년간입니다. 박사과정에 이르러서는 전공과도 관련이 있지만 문과계 대학원에서는 표준수료연한으로 학위를 취득 못하는 케이스는 극히 일반적이며, 그만큼 박사학위를 취득하기란 어렵다는 것입니다.

박사후기과정의 3년으로 학위를 취득 못했을 경우, 4∼5년으로 대학원에 재학하면서 도전하던가 대학원을 그만두고 취직해서 연구기관이나 연구소 등에서 논문을 작성해서 심사와 최정시험을 치르든가 혹은 박사취득을 단념하던가 하게 됩니다. 박사과정의 경우 학위를 취득 못하면 대학원을 그만두면 「만기 퇴학자」라 합니다.
만기퇴학자인 경우 통상 박사논문을 제출하면 다시 심사 및 최종시험을 받을 수 있습니다. 박사후기 과정의
재학년수의 한도는 통상 6년간입니다.

박사과정의 대부분은 전기·후기로 구분하고 있는 대학원, 혹은 후기 3년간의 대학원이지만 그 중에는 박사과정의 전기과정과 후기과정을 하나의 코스로 한 5년 일관제 대학원이 있습니다.
5년 일관제라고는 하지만 전기 2년을 수료하면 석사학위를 취득할 수 있습니다.
단 5년 일관제 대학원은 입학 후에 처음부터 전기 2년의 마스터코스까지 수료하고 취직할 학생은 입학할 수 없습니다. 어디까지나 5년간 재학하고 박사를 목표로 하는 학생이 입학대상이 됩니다.
때문에 다른 박사 전기과정의 대학원보다 모집인원은 적고 처음부터 다른 대학원의 후기과정에 해당되는 인원 밖에 모집하지 않습니다.

5년 일관제 대학원의 장점은 5년간을 풀로 연구할 수 있는 점. 전기·후기로 구분되어있는 대학원에서는 교육연구의 커리큘럼도 전기와 후기로 구분되어 있고 전기에서 후기로 진학하려면 후기과정의 입학시험을 치르지 않으면 안됩니다. 차분히 연구에 몰두, 박사학위를 목표로 하는 사람은 5년 일관제 대학원도 좋을 것입니다.

대학원의 입학금이나 학비 등은 절실한 문제이기 때문에 정확히 조사해 두는 것이 좋습니다. 대학에 입학할 때 드는 비용은 국립·공립 대학원의 경우 입학금과수업료가 필요하다. 사립대학의 경우에는 입학금, 수업료에다 시설·설비비와 실험비 등이 필요하다. 국립대학의 대학원 입학비용은 어느 대학원이든 모두 일률적인 금액입니다. 2003년도 입학금·수업료는 약 778만원 선입니다. 사립대학 대학원의 경우에는 각 대학원이나 연구과마다 입학비용이 다르니까 사전에 조사해 두는 것이 좋을 것입니다. 그것도 대학원에 따라 격차가 있으므로 가정사정이나 자기 경제사정을 잘 생각해서 대학원을 고르는 것이 좋을 것입니다. 개중에는 연구 과에 따라서 혹은 전공에 따라서 다른 경우가 있으므로 주의를 요합니다. 또 대학원에 따라서는 입학금·수업료는 비교적 싸지만 시설·설비비 등이 비싼 경우, 수업료는 비싸지만 시설·설비비 등이 싼 경우 등이 있으므로 세밀히 체크 해야 합니다. 예를 들면 와세다대학 대학원 교육학 연구과는 1년간에 입학금 26만엔. 수업료 80만엔, 제반비용 8만 6천엔으로 합계 114만 6천엔입니다.

대학원에도 물론 수업이 있습니다. 학부와 같이 필수과목과 선택과목이 있고 30학점 이상을 취득하지 않으면 수료할 수 없습니다. 수업과목의 성적평가도 학부와 마찬가지로 우·양·가·불가다. 학부와 비교하면 대폭으로 학점수가 적지만 지도교수가 담당하는 연습과목을 중심으로 세미나, 윤강(輪講) 같은 것으로 통상은 자신의 연구와 직접·간접으로 관련된 과목을 이수하게 됩니다. 물론 강의의 수업과목 학점도 취득하지 않으면 안됩니다. 그만큼 학부처럼 수동의 자세로 수업에 임하면 자기연구가 진척되지 않는다.

대학원의 연습(演習)·세미나는 기본적으로 원생이 주역입니다. 원생이 수업을 진행하고 지도교수는 그것에 대해서 보충하는 경우가 많습니다. 그 때문에 수업을 위한 준비는 생각보다 대단하다. 게다가 지도교수는 수업을 받는 것을 전제로 하고 연구의 장에서는 세밀한 곳까지 설명치 않는 케이스도 많기 때문에 수업도 소홀히 할 수 없습니다. 대학원도 석사과정의 경우는 연구성과로서 정리하는 석사논문 보다도 평소교육·연구의 장이 중시됩니다. 연구 레포트와 마찬가지로 수업에 임하는 자세는 석사 과정의 큰 평가의 하나입니다. 대학원이라 하면 곧 독창적인 연구, 그리고 석사논문이 먼저 머리에 떠오를지 모르지만 그 이상으로 평소 치밀한 공부와 연구 태도가 가장 중요시 된다고 인식합시다. 석사 논문에 착수 하는데도 각 대학원이나 전공에서 정한 석사 1년에 필요로 하는 학점을 취득하지 않으면 안됩니다 그만큼 수업이 중시되고 있다는 것입니다. 박사(후기)과정은 다릅니다. 박사과정은 한 사람의 연구자로 보기 때문에 연구내용이 문제시 됩니다. 박사과정의 경우도 수업은 있지만 학점제는 아니다.어디까지나 자기연구를 위하여 필요한 수업을 자주적으로 받게 되는 것입니다.